近年來台灣養豬產業發展面臨許多挑戰，隨著國人環保意識逐漸抬頭，對於傳統養豬場畜舍老舊、糞尿處理設施效能不彰，於豬隻飼養過程中所衍生之糞尿廢水、異味等問題，加上我國豬隻育成效率及繁殖與先進畜牧國家相比較仍有進步空間，我國養豬場約占八成為一貫場經營模式，為提升豬隻飼養育成率，後續發展可結合環控高床畜舍、批次分齡生產模式、提升生物安全，並以精準數據管理、導入自動化省工設備解決畜牧場現場勞動力不足，以提升整體生產與經營效率。
植基於此，「輔導養豬場現代化轉型升級」為我國養豬產業永續發展的重要任務，農業部以「擴大養豬場導入新式整合型設施(備)」補助推動，規劃「養豬場導入新式整合型豬舍或更新相關設施」、「養豬場採異地多地批次分齡飼養模式，設置豬舍或更新相關設施」及「養豬場導入自動化省工設備」等三大補助項目並籌組相關輔導團隊，期冀藉由各輔導團隊專業客製化之技術輔導，如：新式整合型設施(高床、閉密式豬舍、密閉式高床豬舍、污染防治及廢水處理設施)、精準管理與省工智能化設備等飼養模式之導入，配搭相關補助措施更新養豬場相關之設備，進而使養豬場飼養環境產生質變，提升整體養豬產業結構，並減緩養豬產業廢水及異味等污染防治問題。
工研院中分院承接農業部養豬場現代化轉型升級與污染防治整合輔導任務，透過養豬場現代化轉型升級推動計畫辦公室之成立，依計畫推動任務需求分別規劃現代化節水型畜舍技術輔導團隊、養豬場廢水效能提升及污染防治技術輔導團隊及養豬場現代化轉型升級補助推動及管考政策規劃團隊，並設立全台行政服務窗口，致力於相關行政與技術整合工作，期以藉此推動模式得以有效率地解決養豬農民於現代化轉型升級推行之瓶頸與疑問，以加速全台養豬場現代化轉型升級，使養豬產業得以朝友善環境之永續目標邁進。